Специализированная противотуберкулезная помощь населению в Славянском районе была организована в 1927 году - при поликлинике был открыт Тубкабинет.
В 1932 году в станице Славянской был приобретен рентгеновский аппарат. Первым врачом - рентгенологом был Кирячек Яков Исидорович. В этом же году при инициативе и при личном участки заведующего райздравотделом Пономаренко А.В. и врача - фтизиатра Кирячек А.И. был открыт Славянский противотуберкулезный диспансер. В его штатах было 2 врача, фельдшер, 2 патронажных медицинских сестры, медрегистратор и уборщица. Диспансер не имел своих коек. Размещался диспансер в красивом здании по улице Набережной, разрушенном во время немецкой оккупации.
В 1953 году прибывший на работу в Славянский район врач Ярофеев Юрий Иванович на базе Тубкабинета вновь развертывает Славянский противотуберкулезный диспансер со стационаром на 15 коек. Здание стационара расширялось и приспосабливалось.
В 1954 году было развернуто уже 25 коек, открыта клиническая лаборатория и выделен прием больных костно-суставным туберкулезом. Первым врачом по костному туберкулезу был Гречка Семен Андреевич.
В 1963 году число врачебных участков увеличилось до трех.
В 1964 году выделен прием микрофтизиатра в детской поликлинике. Число коек в стационаре увеличилось до 35.
В 1965 году организуется флюорографическая служба, а в 1967 году утвержден штат бактериологической лаборатории.
К 1970 году число коек увеличивается до 60. Главным врачом в то время был Каракай Владимир Иванович.
В 1998 году начато строительство стационара на 60 коек. Закончено в 1999 году.
С июля 2014 года к ГБУЗ ПТД № 12 в качестве филиала присоединён ГБУЗ ПТД №19 (г.Темрюк)
С апреля 2016 года к ГБУЗ ПТД № 12 в качестве филиала присоединён ГБУЗ ПТД №20 (г.Крымск)